少年时并不出众，18岁开窍
1989年6月18日，冯卓毅出生于武汉的一个普通家庭。因为从小就喜欢运动，他在6岁时就被家里送去打羽毛球，想以此来锻炼他的身体和意志。但几个月之后，发现一直对羽毛球没有兴趣的冯卓毅选择了放弃。“后来有一天路过一个足球场，看见有很多小朋友在训练。当时教练看到我，就让我加入进来一起踢一踢，试试看。从那时候开始，我就喜欢上了足球这项运动。”从此，冯卓毅就走上了足球道路。
到了2002年，成都市足协去武汉挑选第一批青训队员，当时一共挑选了11名队员，其中就有冯卓毅。“其实他在13岁到18岁的这几年时间里面，表现一直都不突出。”成都市足协副主席刘刚回忆，当时跟冯卓毅同年龄段的青少年球员大概有25人左右，“如果选其中20个人出去打比赛，那么10次里面可能7次都没有他。”
“但是当冯卓毅到了18岁，他一下就有了很大的转变。”刘刚评价道：“仿佛一夜之间，蒙着他天赋的那层纸就被捅破了，他突然球感变得很好，踢球的思路也清晰了许多。他原本有个外号叫‘大皮’，就是因为他踢球的时候总是不紧不慢的。但恰恰是这个曾经的缺点，成为了他现在在场上的特点和优势。”
成都足协青训总监助理王昕轲和冯卓毅是在同一时期参加的青训，两人在后来的成都谢菲联时期还是队友，他评价道：“冯卓毅一直以来都非常自律，他的综合能力以及职业精神都让我很敬佩，当时他在队里也和大家相处很好。”
职业生涯迎来爆发
2007年，成都足协将冯卓毅输送至成都谢菲联足球俱乐部，他就此开启了自己的职业生涯。在此期间，冯卓毅还曾被租借到其他俱乐部。到了2009年，冯卓毅回到成都，正式代表成都谢菲联出战，此时他已经成长为了能够独当一面的中场大将。在这一年，他还作为四川队的一员参加了全运会的比赛。
冯卓毅回到成都，加盟成都兴城足球俱乐部2009年8月，冯卓毅首次入选了国奥的集训大名单。当时成足主帅王宝山评价道：“这小子，防守和组织都很有特点，我对他在中超赛场的表现非常满意。像冯卓毅这样的年轻队员，入选国奥是件好事，希望他能在国奥队打出名堂来！”
在2012赛季，一直不断努力的冯卓毅终于迎来了自己职业生涯的爆发，在多场比赛中奉献关键进球。中甲第4轮，凭借冯卓毅最后关头的进球，成都谢菲联2比2客场战平福建骏豪队，赛后他感叹：“3年职业联赛第一球，真的是铁树开花啊！”随后的中甲第9轮，冯卓毅再次扮演了救火队员，在终场前将比分扳平。第10轮比赛，在比赛第83分钟，冯卓毅摆脱后卫，对延边队完成绝杀！
2013年初，司职中场的冯卓毅带着单赛季7球的高光表现离开了成都，加盟广州富力继续征战中超联赛。效力广州富力期间，他代表球队登上亚洲舞台，出战亚冠联赛；2016年，冯卓毅转会河南建业，此后的四个赛季，他一直是主力中场，为球队出场各项赛事达到106次，作为球队中场节拍器贡献了6个进球12次助攻。
